明初的軍制比較簡單，其基層單位是「衛」和「所」，每衛轄正規軍士約5,000人，其下設所，分為千戶所和百戶所，京城的禁衛軍所轄衛所為48處。到洪武十五年，朱元璋決定改革禁衛軍，建立了十二個親軍衛，其中最重要的就是「錦衣衛」。在錦衣衛組織當中，皇帝為直接的管理者。
錦衣衛掌衛事：僅設一人或兩人同掌衛事，多以左右都督(正一品)[3]、都督同知(從一品)[4]、都督僉事(正二品)、都指揮使(正二品)[5]、都指揮僉事(從二品)[6]等一二品勛臣充任。
指揮使：正三品，名義上的錦衣衛長官，明代許多勛臣後代被授予該官職，實際上是不管事的虛銜，並且可以同時有多人領有該銜。[7]
指揮同知：從三品，設置二人，輔佐指揮使。
指揮僉事：正四品。
南、北鎮撫司鎮撫使：正五品，各設置一人。
千戶：正五品，設置十四人。
副千戶：從五品。
百戶：正六品。
試百戶：從六品。
總旗：正七品。
小旗：從七品。
力士與校尉：普通軍士。