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全真道雖一度不被統治者重視，被排除於道教管理機構之外，也失去了元代時期的政治地位，但它仍然在民間社會中頑強傳承，持續生存。
到了明代中後期，正一道逐漸腐化衰落。隆慶年間，明穆宗下詔革去正一真人的名號，奪其印信，只讓其裔孫張國祥擔任上清觀提點。到了明神宗時，雖然恢復了張國祥的真人名號，卻不許其入朝覲見，並規定若非奉詔，不得來京。由此可見，正一道的政治地位在此時已明顯下降。
與此同時，全真道卻在民間逐漸復興，且其影響開始上達朝廷。特別是全真教的內丹功法，在明代上層社會中頗為流行。明憲宗朱見深曾重新編訂《全真群仙集》，親自為之作序，並依據書中所列全真祖師次第與全真內丹功法，命宮中畫師增繪大量彩色插圖。這不只是文藝性的整理，而已帶有相當明顯的官方重視意味。
萬曆年間，孝定李太后命僧人海澄抄寫的三教功德書《寶善卷》，更把全真教宗祖與儒教祖師孔子、佛教釋迦牟尼並列而立。尤其值得注意的是，萬曆宮廷所作《寶善卷》，竟是把全真道而非當時看似更顯赫的正一道，視為儒、釋、道三教之中道教的代表。這說明到了這一時期，全真道作為道門主流的意識，已經得到上自王公重臣、下至一般士大夫的廣泛認同。
與此同時，一些全真道士也獲得了王公大臣，乃至皇室的信任，與之往來密切。例如泰山三陽觀住持、全真道士王三陽與昝復明，便十分重視與官僚士紳及皇族貴胄的交往。隆慶年間，泰山三陽觀成為德王府的香火院，獲賜莊宅一區、田地三十畝，作為焚修道眾衣糧之資。自此，道觀有了穩定的經濟來源，道眾也大為增加。
到了萬曆年間，三陽觀更加興盛。除了持續得到德王府支持之外，還進一步與宮廷產生聯繫。深受明神宗寵愛的鄭貴妃，曾多次派太監前往三陽觀舉行清醮。現存三陽觀萬曆十七年（1589）〈皇醮記文碑〉記載道：
欽差乾清宮近侍、御馬監太監樊騰，遵奉大明皇帝貴妃鄭淑旨，敬詣東岳泰山岱頂聖母娘娘陛前，虔修醮典，遍禮諸聖。仍於三陽庵全真道士昝復明等，復作清醮一百二十分位，上叩諸天，遙鑑聖母垂慈，佑保貴妃聖躬康泰，皇子平安，星辰順度，疾疫痊除，壽命延長，家國協吉。領教奉行，頓首謹意。
這段碑文很能說明問題：到萬曆時期，全真道不僅在民間站穩了腳步，而且已重新進入宮廷祈福、國家祝禱的視野之中。換句話說，全真道雖在制度上未必完全恢復元代舊觀，但在實際影響力上，已經重新抬頭。
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簡體原文
治者重视，被排除出道教管理机构，丧失了元时的政治地位，但其仍在民间社会顽强地传承与生存。到了明代中后期，正一道腐化与衰落。隆庆年间，明穆宗诏革正一真人名号，夺其印，止以裔孙张国祥为上清观提点。明神宗时恢复了张国祥真人名号，但不许其朝觐，规定非奉诏命，不得来京。正一道的政治地位有所下降。而此时，全真道在民间逐步复兴，影响达于上廷。特别是全真教的内丹功法在明代上层社会中非常流行。明宪宗朱见深曾重新编订《全真群仙集》，并为之作序，还根据该书有关的全真祖师的编次及全真内丹功法，令宫内画师为该书增绘大量彩色插图。[39]万历年间，孝定李太后命僧人海澄抄写的三教功德书《宝善卷》将全真教的宗祖与儒教祖师孔子、佛教的释迦牟尼比肩而立。万历宫廷所作的《宝善卷》把全真道作为儒、释、道三教的代表，而非明代贵盛的正一道，说明了此时全真道作为道门主流的意识，得到了上至王公重臣，下至一般士大夫的广泛认同。[40]
与此同时，一些全真道士得到了王公大臣乃至皇室的信任，与之关系密切。如泰山三阳观住持全真道士王三阳、昝复明就非常注意与官僚士绅，以及皇族贵胄的交往。泰山三阳观在隆庆年间成为德王府的香火院，得到庄宅一区，地三十亩，以为焚修道众衣粮之资。道观有了稳定的经济来源，道众大增。[41]到了万历年间，三阳观更加兴盛，除了继续得到德王府的支持外，还与宫廷有了联系。深受明神宗宠幸的郑贵妃多次派太监至三阳观举行清醮。现存三阳观万历十七年（1589）《皇醮记文碑》载道：
钦差乾清宫近侍、御马监太监樊腾，遵奉大明皇帝贵妃郑淑旨，敬诣东岳泰山岱顶圣母娘娘陛前，虔修醮典，遍礼诸圣。仍于三阳庵全真道士昝复明等，复作清醮一百二十分位，上叩诸天，遥鉴圣母垂慈，佑保贵妃圣躬康泰，皇子平安，星辰顺度，疾疫痊除，寿命延长，家国协吉。领教奉行，顿首谨意。[42]