1981年，沈志華與在北京第二外國語學院和北京外國語學院分院教書的美國丹佛大學農業經濟學博士生莉莎·威克瑟（Lisa Wichser）交往過程中，為其提供十幾本中國社科院農業經濟研究所辦的不公開發行的學術刊物。之後，威克瑟被中華人民共和國政府認定是中央情報局間諜，於1982年5月28日被北京公安機關逮捕，後於6月3日被釋放，並被限令48小時離境。[3][4]1982年初，沈志華完成了碩士學位論文《新經濟政策與蘇維埃俄國向社會主義過渡》。在研究生答辯前16天，沈志華被警察以中央情報局間諜的罪名帶走。隨後，沈志華被審訊了10個月。
1983年以「洩露國家重大機密」判處兩年徒刑。據沈志華自敘，宣判後法官對他說道：「為了國家的利益，你就犧牲一下吧！」[5]1984年5月提前出獄，成為1983年「嚴打」以後全國釋放的第一人[6]。1980年代中期離開史學界，到深圳經商並獲得很大成功，成為富商。