食用方法有鹽烤、魚乾、泡味醂後曬乾、田樂、魚湯、甘露煮（醬魯）、飯壽司（熟壽司）等[4]。
日本叉牙魚無鱗、小骨少、脊椎容易剝離，經常一整隻或只切掉頭部後燉煮或燒烤。烤新鮮的叉牙魚時，先將尾部的骨頭折斷便能從頭部輕鬆剝掉整個脊椎而容易食用。沾上味噌烤的田樂料理在山形縣莊內地方相當常見。
新鮮魚貨可以水煮後沾醬油吃，或是煮成叉牙魚湯（ハタハタ汁，味噌湯），叉牙魚若不最後放入會容易煮爛。
叉牙魚壽司是熟壽司（なれずし）的一種，可以作為保存食品。需要時取出來和切好的蔬菜一起食用。也經常鹽漬或味噌醃漬後燉煮或燒烤。這些是在蛋白質來源減少的雪國為了度過冬季的重要食材。
在鳥取縣有鹽漬後再以甜醋醃漬的食品，以及用以醋調味過的豆渣做成的白魚壽司（しろはたずし），每當4月魚季將成為賀露大明神春祭的活動食品[5]。